Группа «Агротрейд» органическим земледелием занимается на 2,55 тыс. га из 70 тыс. га общего земельного банка. Группа активно осваивает органическое земледелие с 2015 г. Для этого направления выделены земли в Харьковской области и создано отдельное подразделение. После получения сертификата европейского стандарта Organic Standard в 2017 г. был собран первый урожай органической продукции. Структурные подразделения агрогруппы — производственные «Хлебороб», «Укрзернопром-Шевченково» и торговое «Агротрейд Экспорт» — и их активы сертифицированы «Органик Стандарт» в соответствии со стандартами, эквивалентными постановлениям ЕС-834/2007 и 889/2008. Кроме того, «Агротрейд» претендует на сертификацию по стандартам NOP USDA. В 2017 г. в интервью Latifundist.com директор агропромышленного департамента группы «Агротрейд» Виктор Кухарчук отмечал, что на органических землях компании выращивается преимущественно соя, тыква, чечевица и лен. Причем он уточнял, что в планах агрогруппы перевести под органику до 10% земельного банка.